キャピラリー電気泳動システム/Capillary ElectrophoresiscePRO 9600™
  アプリケーション オリゴヌクレオチド分析

内容	文書No.	タイトル
オリゴヌクレオチド分析 Oligonucleotide Analysis	APP-20750	合成オリゴヌクレオチド高速分析、cePRO 9600™システム使用 High Throughput Synthetic Oligonucleotide Analysis with the cePRO 9600™ System

* CGE-UVでオリゴヌクレオチドの不純物を正確に測定
* 高速サンプル処理：　長さ60 merの96サンプルを1時間以内に分析可能
* 単一ヌクレオチドで長さ100 merまでの分離能。n-1不純物測定が可能
* サンプルあたりのコストを低減
* 無人分析用ロボットインターフェース対応


一重鎖DNA / RNA合成オリゴヌクレオチドは分子生物学における数多くの用途に利用されます。
PCR、SNP（単一ヌクレオチド多形）アッセイ、部位特異的突然変異誘発分析、突然変異及び遺伝子型検出が含まれます。
マイクロアレイ技術やアンチセンス臨床研究の開発に伴い、高品質のオリゴヌクレオチドへの需要がさらに増大しており、品質確認のため、使用前に合成ヌクレオチドの特性を見極め、時には精製する必要があります。
例えばオリゴヌクレオチドマイクロアレイはスポットの濃度と均一性に非常に左右され、その両方がスポット配列の純度に直接関連しているという研究結果がいくつも出ています。

合成オリゴヌクレオチド製造は、高度に自動化された組合せ工程で行われます。
現在メーカーは1日に数万種の配列を製造できます。オリゴヌクレオチドは通常顧客の用途にカスタマイズされ、固相ホスホアミダイト法を利用して市販の様々な核酸合成装置で塩基毎に製造されます。
安価な合成装置が入手可能になり、エンドユーザーが自社のラボでオリゴヌクレオチドの合成をできるようになりました。各合成サイクルには、脱トリチル化、塩基の結合、キャッピング、酸化の4つの段階があります。
トリチル基は次のヌクレオチドの結合前に除去されます。結合効率は98〜99%で、各サイクルで1〜2%の保護基配列が未処理になります。
この未処理配列は続く合成処理で除外されるようキャッピングされます。合成処理後の完全な生成物のフラクションは（Eff）n-1に等しくなります。（Effは反応効率、nはオリゴヌクレオチド生成物の塩基の数。）仮に50 mer配列の反応効率が98.5％とすると、純正生成物の48％におびただしい数のn-1, n-2, …..等不純物を含みます。


キャピラリーゲル電気泳動−UV検出（CGE-UV）は高分離能で、サンプル量がnLですみ、自動化が容易という点からオリゴヌクレオチドの純度測定法として注目されています。
分離はオリゴヌクレオチドの質量-荷電比がほぼ一定であるアルカリのpH値で行われます。
ふるい効果のあるゲルベースのマトリックスにより、サイズによる分離でn-1の不純物を分離できます。キャピラリー1本でのCGE法では、キャピラリーの長さやゲルマトリックスにより異なりますが、分析時間はサンプル当たり15〜110分です。この処理量では統計をとる目的のサンプリングしかできません。

キャピラリー96本によるcePRO 9600システムでCGE-UVを行うと、製造レベルで必要な処理量を満たし、合成した全配列の純度測定が可能です。
信頼性の高い分析結果を得られ、DNA/RNAに関連した用途で十分な成果を挙げることができます。

注 ：MCE 2000™システムはcePRO 9600™システムの前機種です。

cePRO Manager™ソフト

* キャピラリー96本のエレクトロフェログラムデータをリアルタイム表示
* 純度測定用に簡単に使用できるピーク積分パッケージ
* マルチステッププログラミングによりサンプルトレイ2個（192サンプル）の無人分析
* データをASCII形式にエクスポートでき、別のソフトで使用可能

サンプル：脱塩14,15 - 19,20 - 39,40 - 59,60 - 79,80 mers 濃度：1.5µM （14 - 30 mers）, 0.1µM （39 - 60 mers）, 0.2µM （79,80 mers） サンプル注入：5 kV, 15秒 CE分析：163 V/cm, 65分

cePRO Managerソフトによる不純物を含む70 merサンプル測定。 メインピークは純度39.1％と測定。